Горная система Анд на территории Колумбии разделяется на три параллельные горные цепи Кордильер, формирующие крайне разнообразные природные условия. Это три Кордильеры: Западная, Центральная и Восточная (или Богота). Здесь можно найти заснеженные горные вершины и зеленые долины, густые леса и высокогорные степи.

Западная Кордильера едва превышает 4000 м и не достигает снеговой линии. Она служит водоразделом рек бассейном Тихого и Атлантического океанов. Реки, текущие в Тихий океан, короткие, но многоводные.

От Центральной Кордильеры Западая отделена долиной р. Кауки - притока р. Магдалены.

Центральную Кордильеру часто сравнивают с гигантской стеной, протянувшейся более чем на 800 км, увенчанной вулканическими конусами со снежными вершинами.

Высшая точка Центральной Кордильеры - потухший вулкан Уила (5750 м). На севере Центральная Кордильера заметно снижается и переходит в массив Антьокия. Почти повсеместно в Колумбии, кроме засушливого севера, высокогорий и переувлажненных мест, распространены различные типы ферраллитных почв, а в вулканических районах - пепловые андосоли - одни из лучших для выращивания кофейного куста.

Глубокая впадина долины р. Магдалены отделяет Центральную Кордильеру от Восточной. Магдалена - крупнейшая река Колумбии. Длина ее - 1550 км. Ежедневно река уносит в Карибское море до 764 куб. м наносов, а ее обширная дельта представляет собой запутанный лабиринт протоков, рукавов и больших и малых островов. Режим Магдалены (и ее притоков) обусловлен в основном питанием за счет весенне-осенних дождей. В устье Магдалены расположен город Барранкилья, крупнейший в Колумбии морской и одновременно речной порт. Судоходство по Магдалене поддерживается на протяжении 935 км от устья до города Онды, где течение реки прерывается порогами. Магдалена до сих пор остается важнейшей транспортной артерией Колумбии, но колебания уровня воды в реке (связанные с колебанием интенсивности дождей), теснины и пороги затрудняют плавание и создают необходимость перевалки грузов.

Восточная Кордильера в средней своей части сильно расширяется (до 250 км) и представляет собой сочетание лежащих на высоте 2400-2800 м межгорных бассейнов и коротких краевых поднятий, вершины которых выше 4000 м. Эти бассейны и явились очагами земледелия и основными ареалами расселения индейцев чибча-муиска доиспанского времени. Реки, прорываясь в направлении Магдалены и Ориноко, образуют многочисленные водопады (особенно известен водопад Текендама).

Очень много озер, некоторые значительны по размерам. С одним из таких озер - Гуатавита, расположенным северо-восточнее Боготы, связана известная легенда об Эльдорадо - легенда о стране, где золота больше, чем песка. В поисках этого миража в XVI-XIX вв. тысячи людей погибли в недоступных горах, тропических лесах и болотах Латинской Америки. Восточная Кордильера под 6° с. ш. раздваивается: одна ее ветвь (Кордильера-де-Мерида) уходит на северо-восток, в пределы Венесуэлы, другая (Сьерра-де-Периха) - прямо на север, к полуострову Гуахира. Сьерра-де-Периха отделена долиной р. Сесар от древнего изолированного массива Сьерра-Невада-де-Санта-Марта, лежащего всего в 45 км от берега Карибского моря. Здесь находится самая высокая точка Колумбии гора Кристобаль-Колон (5800 м).